বাংলায় বায়োইনফরমেটিক্স (Bioinformatics in Bangla)

বাংলায় বায়োইনফরমেটিক্স শেখা যায় কিভাবে? মাতৃভাষায় যেকোন কিছু শিখার মজাই আলাদা। ইউটিউবে অনেক ভিডিও আছে ইংলিশে। সেগুলো তে প্রোপার আন্ডারস্ট্যান্ডিং হয় না। তাই বাংলায় শিখতে পারলে ভাল হত। বাংলায় কিছু লেকচার আছে শিক্ষক.কম এ। আর ঢাবি বায়োকেমিস্ট্রির একটা অনলাইন প্রোগ্রাম আছে CBLAST নামে। । প্রতিটি কোর্স একমাসের এবং ৫০০০ টাকা পে করতে হয়। আরো একটা গ্রুপ আছে বায়ো বায়ো -১। এই গ্রুপটা খুব ভাল মানের। আর রেড-গ্রীন রিসার্চ সেন্টার এবং MMDDL এর নাম পড়ে শুনেছি। এগুলো তে কোর্স ফি ৫/৭ হাজার টাকা। এগুলোর কোনটাই করার টাকা আমার ছিলনা। আমি যখন যাস্টের মাইক্রোবায়োলজি ডিপার্টমেন্টে পড়তাম তখন বায়োইনফরমেটিক্স এর কোন কোর্স ই পড়ানো হত না। যদিও আমার পরের ব্যাচে চালু করেছিল। তখন খুব করে চাইতাম যদি একটু গাইড থাকত, কিংবা বাংলায় প্রচুর রিসোর্স থাকত খুব ভাল হত। তখন গুগল ইউটিউব ঘেটে ঘেটে সেল্ফ-সুপারভাইজিং দুটা প্রজেক্ট করেছি।পেপারও পাবলিশ করেছি একা একা। যাইহোক আমি শিক্ষক.কমের লেকচার গুলো (১-৬) পড়েছিলাম । যদিও তেমন গভীর ছিল না। আপনি যদি বায়োইনফরমেটিক্স এ একেবারে নতুন হয়ে থাকেন অথচ প্রোগ্রামিং জানেন না, তাহলে আপনাকে দিয়ে আজ আমি ছোট্ট একটা প্রজেক্ট শুরু করাব। এই ধরুন ১০ দিনেও শেষ হতে পারে আবার ৩০ দিনও লাগতে পারে। আপনি প্রজেক্ট শেষে চাইলে পেপারও পাবলিশ করতে পারবেন। আচ্ছা, আমার কাছে বায়োইনফরমেটিক্স এর দুইটা ব্রাঞ্চ সবচে ভাল লাগত। একটা হল NGS DATA ANALYSIS আর CADD (computer aided drug design). তবে প্রথমটাতে উচুমানের প্রোগ্রামিং জানা আবশ্যক। আর দ্বিতীয়টাতে আপাতত প্রোগ্রামিং না জানলেও চলবে।
আমি কম্পিউটার এইডেড ড্রাগ ডিজাইন শিখতেছি। আমি এটার বেশ কিছু ধাপ নিয়ে আলোচনা করব। তবে আপাতত শুধু দুটি ধাপ নিয়ে আলোচনা করব। একটা হল হোমোলজি মডেলিং আর দ্বিতীয়টা হল মলিকুলার ডকিং। আপনারা যদি আগ্রহ দেখান তাহলে MD simulation, vHTS নিয়ে ও আলোচনা করব।
হোমোলজি মডেলিং দিয়ে আমরা অজানা প্রোটিনের গঠন নির্নয় করব।
আর মলিকুলার ডকিং দিয়ে আমরা ক্যান্সারের ঔষুধ তৈরী করে ফেলব। হাস্যকর লাগতেছে তাইনা?
যাইহোক প্রথম প্রজেক্ট শুরু করা যাক। এই প্রজেক্টের শিরোনাম হবে –
Sequence Analysis and Homology modeling of “X” protein.
Sequence Analysis অংশে আমরা প্রোটিনের এমিনো এসিড সিকুয়েন্স দেখে বের করব এই প্রোটিনের কয়টা motif বা active site আছে? আবার কয়টা transmembrane segment আছে, সম্পুর্ণ সিকুয়েন্সে কত শতাংশ আলফা হেলিক্স, বিটা শিথ আছে।
আচ্ছা, এই জিনিস গুলো কিভাবে বের করব? এইটা জানার জন্য যে ভিডিও গুলো দেখবেন তা হল -ইউটিউবে somu’s biology bioinformatics লিখে সার্চ দিবে। দুইটা অংশ পাবেন। থিউরি আর প্রাকটিকাল। practical 1,2,3,4,7,8 এবং practical 20-24. এইগুলো দেখুন আর সাথে সাথে আপনার কম্পিউটারে প্রাকটিস করুন।
আর দ্বিতীয় অংশে আছে হোমোলজি মডেলিং। এটার দুটা অংশ – structure prediction and validation.
structure prediction আপনি অনেকভাবে করতে পারবেন। তবে আমি তিনটি মেথড এর নাম বলব। swiss-model server, m4t server এবং একটি সফটওয়ার modeller v9.19. প্রথম দুটিতে প্রোটিন সিকুয়েন্স কপিপেস্ট করে সাবমিট করে দিলেই আপনার রেজাল্ট চলে আসবে। রেজাল্টে যা আসবে তা হল একটি প্রোটিন। এটি ই হল আপনার ডিজাইনকৃত প্রোটিন। তবে modeller v9.19 software দিয়ে প্রোটিন মডেলিং করা ভাল। ইউটিউবে modelling protein using modeller 9.10 নামে ৪২ মিনিটের খুবই ইফেক্টিভ একটা ভিডিও আছে।ওইটা দেখে দেখে প্রাকটিস করেন। এইটা শিখে রাখেন বেশ কাজে দেবে।
আরেকটা অংশ হল structure validation. আপনার এই প্রোটিনটি কতটুকু accurate তা জানার জন্য validation করতে হবে। কয়েকটি validation assessment method আছে যেমন Rampage, ERRAT, Q-Mean score, Ramachandran plot. এইগুলোর প্রত্যেকটিতে আপনার ডিজাইনকৃত প্রটিনটি সাবমিট করবেন। কয়েক সেকেন্ড পরেই রেজাল্ট পেয়ে যাবেন।

Also Read: Bioinformatic in Bangladesh

শেষ কথা:
আশা করি আপনাদের এই আর্টিকেলটি পছন্দ হয়েছে। আমি সর্বদা চেষ্টা করি যেন আপনারা সঠিক তথ্যটি খুজে পান। যদি আপনাদের এই “বাংলায় বায়োইনফরমেটিক্স” আর্টিকেলটি পছন্দ হয়ে থাকলে, অবশ্যই ৫ স্টার রেটিং দিবেন।