অটোফ্যাগী হলো এমন অবস্থা যখন কোনো কোষ তার অভ্যন্তরস্থ নিজের ক্রিয়ায় নিজেই মারা যায়। অটোফ্যাগী ঘটে মূলত লাইসোজোম এর কারণে। লাইসোজোম কোষের বাহির থেকে আগত জীবাণু ধ্বংস করার জন্য প্রয়োজনীয় উৎসেচক ধারণ করে। কিন্তু কোন কারণে কোষে অক্সিজেনের অভাব হলে বা লাইসোজোমের পর্দা ক্ষতিগ্রস্থ হলে এর উৎসেচক দ্বারা আশেপাশের অঙ্গগুলো নষ্ট হয়ে যায় এবং কোষটিই মারা যায়।